警察官の父親・邦治（くにはる）と母親・マス子の長男として、1956年9月7日、当時の鹿児島県日置郡伊集院町（現・日置市）にて生を受けた。上に姉がいる2人姉弟。兄がいたが乳児期に病死している。
鹿児島南高校の情報処理学部の2期生として入学した長渕は、｢ある意味模範生徒｣だったらしい。というのも髪型が学校の風紀に違反しており、校長から｢長渕君みたいな髪型にしてはいけないよ。｣と全校生徒の前で注意を受けたという。高校には最初のうちは成績も良かったが、徐々に落ちていき、卒業するころには、下から数えた方が早い成績まで落ちたという。